तीर्थयात्री शेख जिफरी की दरगाह पर जाने के लिए कालीकट (कोष़िक्कोड) की यात्रा करते हैं, जो 18वीं शताब्दी में शहर में आए थे। कालीकट की सबसे पुरानी ऐतिहासिक कुट्टीचिरा मस्जिद और पुर्तगाली काल के दौरान निर्मित मिशकाल मस्जिद प्रमुख स्थल हैं। आगंतुक पुर्तगाली काल के एक प्रतिष्ठित सूफी शेख मामुक्कोया की दरगाह पर भी श्रद्धा व्यक्त करते हैं, जिनके सम्मान में अप्पवाणिभम नेरचा के नाम से प्रसिद्ध उर्स मनाया जाता है।
उत्तरी केरल के कोल्लम के पन्तलायनी में स्थित प्राचीन मस्जिद काफ़ी ऐतिहासिक और धार्मिक महत्व रखती है। कण्णूर में, मस्जिद और अरक्कल महल, जो अरक्कल शाही परिवार से जुड़ा हुआ है - केरल में एकमात्र मुस्लिम शाही वंश - भी प्रमुख विरासत स्थल हैं।
माप्पिला मुसलमान अक्सर केरल से बाहर के तीर्थस्थलों की तीर्थयात्रा करते हैं, जिनमें एरवाडी, नागोर, कायलपट्टणम (कायलपट्टिनम), किलकरै, मदुरै, उल्लाल और गुलबर्गा शामिल हैं। ये स्थल इस्लामी विद्वत्ता और सांस्कृतिक विरासत के महत्वपूर्ण केंद्र बन गए हैं।