आर.ई. मिलर ने इस बात पर प्रकाश डाला कि माप्पिला मस्जिदों की विशिष्ट वास्तुकला न केवल केरल के सांस्कृतिक ताने-बाने में माप्पिला समुदाय के गहरे एकीकरण को दर्शाती है, बल्कि मुख्यधारा की भारतीय इस्लामी शैलियों से इसके सापेक्ष अलगाव को भी दर्शाती है। भारत में अन्य जगहों पर आम तौर पर पाए जाने वाले मुगल वास्तुकला प्रभावों को अपनाने के बजाय, माप्पिला मस्जिदें स्वदेशी जैन शैली का अनुसरण करती हैं। वास्तुकला की दृष्टि से, ये मस्जिदें लगभग हर पहलू में हिंदू मंदिरों से मिलती-जुलती हैं, सिवाय अंदरूनी हिस्से के, जहाँ प्रार्थना स्थल (मीहराब) और पल्पिट (उपदेश-मंच) में पारंपरिक मुस्लिम तत्व शामिल हैं।
ऐतिहासिक साक्ष्यों से पता चलता है कि आरंभिक मस्जिदों का निर्माण हिंदू बढ़ई और राजमिस्त्री द्वारा किया गया था, जिन्होंने पारंपरिक हिंदू कलात्मक शैलियों को अपनाते थे। यह बताता है कि क्यों कुछ सबसे पुरानी मस्जिदों में हिंदू पौराणिक प्रतीकों, जैसे कि त्रिशूल को छत के सामने उकेरा गया है। ज़मोरिन शासकों ने अक्सर मस्जिद के रख-रखाव के लिए ग्रांट देने की भी एक प्रथा थी। कालीकट (कोष़िक्कोड) के मुच्चुन्ती मस्जिद में इस तरह के ज़मीन दान का एक पुरालेख मिला है। आस-पास बने मंदिरों और मस्जिदों की निकटता, इस क्षेत्र में हिंदू और मुस्लिम समुदायों के बीच स्थायी सद्भाव का प्रमाण है।
