चालिलकत्त कुन्जी मुहम्मद हाजी, सनाउल्लाह मक्ति तन्गल और वक्कम मौलवी माप्पिला मुसलमानों के बीच आधुनिक शिक्षा को आगे बढ़ाने में प्रमुख अग्रदूत थे। चालिलकत्त द्वारा दारुल उलूम की स्थापना ने समुदाय को पारंपरिक दर्स प्रणाली को आधुनिक बनाने के लिए प्रेरित किया। अंग्रेजों ने 1904 में ओत्तुपल्ली में स्थानीय भाषाओं को शुरू करके इस बदलाव को और प्रभावित किया। उसी समय, सुधार-केंद्रित ऐक्य संगम के गठन ने धर्मनिरपेक्ष शिक्षा प्रदान करने वाले स्कूलों की स्थापना के प्रयासों को बढ़ावा दिया। इन पहलों को त्रावणकोर (तिरुवितांकूर) के महाराजाओं और सरकार से समर्थन मिला, जिन्होंने एक समिति बनाई और मुस्लिम छात्रों के लिए विशेष विशेषाधिकार दिए।
वक्कम अब्दुल कादिर मौलवी की मांगों के जवाब में, त्रावणकोर राज्य ने मुहम्मदन स्कूलों की स्थापना की, जिसमें मौलवी को स्वयं उनका पहला निरीक्षक नियुक्त किया गया। उन्होंने इन स्कूलों के संचालन की देखरेख के लिए नियुक्त एक विशेष बोर्ड का भी नेतृत्व किया। आलप्पुष़ा में लज्नत्तुल मुहम्मदिया मध्य केरल में आधुनिक शिक्षा को बढ़ावा देने में अग्रणी बन गया, जबकि 1911 में एम.एम. कोयाकुन्जी द्वारा स्थापित मदनुल उलूम ने कण्णूर क्षेत्र में आधुनिक शिक्षा को आगे बढ़ाने में महत्वपूर्ण भूमिका निभाई थी।
1925 में मलबार जिला शैक्षिक बोर्ड के गठन के बाद नए स्कूल खोले गए, जिनमें लड़कियों के लिए समर्पित संस्थान भी शामिल थे। इसके अलावा, माप्पिला समुदाय की शैक्षिक आवश्यकताओं को पूरा करने के लिए विशेष रूप से माप्पिला स्कूल स्थापित किए गए।
1921 के मलबार विद्रोह के बाद, इस क्षेत्र में भयंकर गरीबी और अनाथों की बढ़ती संख्या का सामना करना पड़ा। परोपकारी लोगों ने सहायता की, जिनमें पंजाब के मौलाना कुसुरी भी शामिल थे, जिन्होंने 1922 में कालीकट में जेडीटी इस्लाम की स्थापना की। 1943 में, एम.के.हाजी द्वारा तिरुरंगाडी में एक अनाथालय की स्थापना की गई, जो इस क्षेत्र में हैजा के पीड़ितों को आश्रय प्रदान करता था। इस बीच, सरकार ने तिरुरंगाडी और एडवण्णा जैसे क्षेत्रों में ओरिएंटल स्कूल खोलने में मुस्लिम संगठनों का समर्थन किया।
आधुनिक शिक्षा में एक बड़ी प्रगति 1948 में हुई जब अबुस्सबाह अहमद अली मौलवी से प्रेरित होकर कालीकट (कोष़िक्कोड) के फरोक में फारूक कॉलेज की स्थापना की गई। यह कॉलेज मलबार में एक लघु अलीगढ़ मुस्लिम विश्वविद्यालय के रूप में जाना जाने लगा, जहाँ से छात्र आगे चलकर अलीगढ़ में उच्च शिक्षा प्राप्त करने लगे। इसके बाद, पूरे क्षेत्र में कई अन्य कॉलेज स्थापित किए गए। 1964 में पी.के. अब्दुल गफूर के नेतृत्व में मुस्लिम एजुकेशनल सोसाइटी (एमईएस) के स्थापना के साथ गति जारी रही। एमईएस ने मण्णारकाड, मम्पाड, कोडुन्गल्लूर, पोन्नानी, मारम्पल्ली, नेडुमकण्डम और वलान्चेरी में सहायता प्राप्त कॉलेजों के साथ-साथ उच्चतर माध्यमिक विद्यालयों की स्थापना में महत्वपूर्ण भूमिका निभाई।
जब 1957 में ई.एम.एस. नम्बूतिरिप्पाड के नेतृत्व में केरल की पहली राज्य सरकार ने शिक्षा और रोजगार में मुसलमानों के लिए आरक्षण की शुरुआत की, तो इसने मुस्लिम शिक्षा के उत्थान पर ध्यान केंद्रित किया। 1967 में, सी.एच मुहम्मद कोया मुख्यमंत्री ईएमएस के तहत शिक्षा मंत्री बने, उन्होंने मलबार में स्कूलों के निर्माण को आगे बढ़ाया और मुस्लिम संगठनों को सहायता एडेड स्कूल स्थापित करने के लिए प्रोत्साहित किया। इस बीच, शुद्धतावादी समूह नदवतुल मुजाहिदीन ने आधुनिक शिक्षा को बढ़ावा देने के लिए अपने प्रयासों को बढ़ा दिया। 1969 में मलप्पुरम जिले के गठन ने दक्षिण मलबार में शैक्षिक विकास को और तेज कर दिया, जिससे कई नए स्कूल खुल गए। कालीकट विश्वविद्यालय, कालीकट (कोष़िक्कोड) मेडिकल कॉलेज और चात्तमंगलम में इंजीनियरिंग कॉलेज की स्थापना ने क्षेत्र में शैक्षिक उन्नति के एक नए चरण का संकेत दिया।
1980 के दशक के दौरान, सरकार ने शिक्षा में निजी निवेश को बढ़ावा दिया, जिससे दूसरे राज्यों में उच्च शिक्षा प्राप्त करने के इच्छुक छात्रों को केरल के निजी कॉलेजों में दाखिला लेने में मदद मिली - खास तौर पर इंजीनियरिंग और चिकित्सा में। मुस्लिम एजुकेशनल सोसाइटी (एमईएस) ने कुट्टिपुरम में एक इंजीनियरिंग कॉलेज और पेरिन्तलमण्णा में एक मेडिकल कॉलेज की स्थापना करके इस प्रयास की अगुआई की। इसके बाद, मुस्लिम प्रबंधन ने पूरे केरल में कई मेडिकल और इंजीनियरिंग कॉलेज स्थापित किए, जो इस क्षेत्र में अन्य समुदायों से आगे निकल गए।
भारत सरकार द्वारा नियुक्त सच्चर समिति ने मुस्लिम समुदायों के गहरे शैक्षणिक और सामाजिक पिछड़ेपन को उजागर किया, जिसमें अनुसूचित जातियों से भी बदतर स्थिति का खुलासा हुआ। इस पर प्रतिक्रिया देते हुए, वी.एस. अच्युतानंदन के नेतृत्व वाली केरल सरकार ने स्थानीय प्रशासन मंत्री पालोली मुहम्मद कुट्टी के नेतृत्व में एक विशेषज्ञ समिति का गठन किया। समिति की 2007 की रिपोर्ट के परिणामस्वरूप मुसलमानों के लिए छात्रवृत्ति और नौकरी कोटा तय किया गया। इसने मुस्लिम बहुल क्षेत्रों में उनके शैक्षिक पिछड़ेपन को दूर करने के लिए अधिक शैक्षणिक संस्थानों की स्थापना को भी प्रेरित किया। इसके अलावा, मुस्लिम प्रबंधन द्वारा संचालित स्व-वित्तपोषित इंजीनियरिंग और मेडिकल कॉलेजों ने समुदाय के भीतर शिक्षा को आगे बढ़ाने में महत्वपूर्ण भूमिका निभाई।
