केरल में शरिया कॉलेजों की परंपरा ओ के ज़ैनुद्दीन कुट्टी मुसलियार के साथ शुरू हुई, जिन्होंने 1952 में कोट्टक्कल के पास ओतुक्कुन्गल में इह्याउ सुन्नाह अरबी कॉलेज की स्थापना की। एक दशक बाद, 1963 में, समस्त केरल जमीयतुल उलमा ने पेरिन्तलमण्णा के फैजाबाद में जामिया अल-नूरिया अरबी कॉलेज की स्थापना की, जो उन्नत इस्लामी शिक्षा के लिए राज्य का सबसे बड़ा केंद्र बन गया।
समय के साथ, शरिया कॉलेजों ने दूरस्थ शिक्षा कार्यक्रमों के माध्यम से धर्मनिरपेक्ष विषयों को शामिल करना शुरू कर दिया। फोकस में इस क्रमिक बदलाव ने इनमें से कई संस्थानों को दअवा कॉलेजों में बदल दिया, जो उनके शैक्षणिक दृष्टिकोण में व्यापक परिवर्तन को दर्शाता है।
1971 में एम.ए. अब्दुल कादिर मुसलियार द्वारा स्थापित, सादिया अरबी कॉलेज धार्मिक और धर्मनिरपेक्ष शिक्षा का विलय करने वाले पहले संस्थानों में से एक था। मुस्लिम समुदाय के भीतर आधुनिक शिक्षा को और बढ़ावा देने के लिए, मुसलियार ने एक अंग्रेजी-माध्यम स्कूल की भी स्थापना की। जिन छात्रों ने सादिया में अपनी इस्लामी पढ़ाई पूरी की, उन्हें "सअदी" की उपाधि मिली। एक ही संस्था में धार्मिक और धर्मनिरपेक्ष शिक्षा को संयोजित करने के इस एकीकृत मॉडल का बाद में विभिन्न क्षेत्रों में अन्य उलेमाओं द्वारा अनुकरण किया गया।
1979 में कान्तपुरम ए.पी. अबूबकर मुसलियार द्वारा कालीकट (कोष़िक्कोड) के कारन्तूर में मरकज़ अल-साक़ाफ़त अल-सुन्निय की स्थापना ने केरल में इस्लामी शिक्षा के विकास में एक महत्वपूर्ण मोड़ साबित हुआ। एक एकल संस्थान के रूप में शुरू हुआ मरकज़ एक पूर्ण विकसित शैक्षणिक केंद्र के रूप में विकसित हुआ, जो मदरसा स्तर से लेकर उन्नत अध्ययन तक के कार्यक्रम प्रदान करता है। समय के साथ, इसने विश्व स्तर पर विस्तार किया और विभिन्न देशों में संबद्ध संस्थान स्थापित किए। इसके स्नातक, जिन्हें सकाफ़ी के रूप में जाना जाता है, ने भारत और अंतरराष्ट्रीय स्तर पर धार्मिक और शैक्षिक भूमिकाएँ निभाई हैं।
1989 में एम.एम. बशीर मुसलियार के दूरदर्शी नेतृत्व में, दारुल हुदा इस्लामिक अकादमी ने एक सुधारित शिक्षा प्रणाली का अनावरण किया। इसने पारंपरिक धार्मिक शिक्षा को आधुनिक शैक्षणिक विधियों के साथ जोड़ा ताकि इस्लामी और समकालीन दोनों विषयों में कुशल व्यक्तियों को तैयार किया जा सके। स्नातक - जिन्हें हुदवी के रूप में जाना जाता है - अपने कार्यस्थलों में इस्लामी लोकाचार को कायम रखते हुए विविध व्यवसायों में प्रवेश करते हैं। समय के साथ, अकादमी विकसित होकर अब दारुल हुदा इस्लामिक विश्वविद्यालय बन गई है।
हकीम मुसलियार के नेतृत्व में 2000 में स्थापित, कोऑर्डिनेशन ऑफ इस्लामिक कॉलेजेस (सीआईसी) इस्लामी शिक्षा के लिए एक नया दृष्टिकोण लाया, जो समस्त केरल जमीयतुल उलमा के मॉडल से प्रेरित है। सीआईसी विशेष डिग्री कार्यक्रम प्रदान करता है, जिसमें पुरुष छात्रों को "वाफी" और महिला छात्रों को "वाफिया" की उपाधि दी जाती है। केरल में फैले संबद्ध संस्थानों के साथ, सीआईसी राज्य में समकालीन इस्लामी शिक्षा को आकार देने में एक प्रमुख शक्ति बन गया है।
2009 में, मार्काज़ ने कालीकट (कोष़िक्कोड) के कइतपोइल में नॉलेज सिटी की शुरुआत करके अपने विज़न को व्यापक बनाया - यह लगभग 300 एकड़ में फैला एक एकीकृत टाउनशिप है। एक व्यापक सांस्कृतिक और शैक्षिक वातावरण को पोषित करने के लिए डिज़ाइन किया गया, यह शिक्षा, संस्कृति, स्वास्थ्य सेवा, कृषि और उद्यमिता सहित प्रमुख क्षेत्रों को एक साथ लाता है। इस परियोजना का नेतृत्व कान्तपुरम ए.पी. अबूबकर मुसलियार के बेटे डॉ. अब्दुल हकीम अज़हरी कर रहे हैं।