മലബാറിലെ മാപ്പിള മുസ്ലീങ്ങള് അവിടങ്ങളില് സ്വാധീനമുറപ്പിച്ചത് ആദ്യകാലത്ത് രാഷ്ട്രീയ ലക്ഷ്യങ്ങളില്ലാതെ അവരുടെ കച്ചവട, വാണിജ്യ വളര്ച്ചയില് മാത്രം ശ്രദ്ധിച്ചാണ്. കച്ചവട, വാണിജ്യ പ്രവര്ത്തനങ്ങളില് പ്രാദേശിക ഭരണാധികാരികള്ക്ക് താങ്ങായി നിന്ന് അവരുടെയും തങ്ങളുടെയും സാമ്പത്തിക വളര്ച്ച മാത്രമായിരുന്നു അവരുടെ ലക്ഷ്യം. പ്രാദേശിക ഭരണാധികാരികള്ക്കാകട്ടെ മുസ്ലീം കച്ചവടക്കാരെയും അറബ് വണിക്കുകളെയും ഒരുപോലെ ആശ്രയിക്കേണ്ട സാഹചര്യമുണ്ടായി. മതവിശ്വാസങ്ങളില് ഏറെ അന്തരമുണ്ടായിരുന്നുവെങ്കിലും മാപ്പിളമാരും പ്രാദേശിക ഭരണാധികാരികളും അഭിപ്രായയൈക്യത്തോടെ പ്രവര്ത്തിച്ചുവന്നു. ഇരുവരും രണ്ടുകൂട്ടരുടേയും ആചാരങ്ങളേയും വിശ്വാസങ്ങളേയും ബഹുമാനിച്ചു. ഭരണാധികാരികളാവട്ടെ തങ്ങളുടെ കച്ചവട താല്പര്യങ്ങള് മുന്നിര്ത്തി മാപ്പിളമാരെ സംരക്ഷിച്ചുവന്നു. അവരുടെ വിശ്വാസങ്ങളും മതപാരമ്പര്യങ്ങളും നിലനിര്ത്താന് സ്വാതന്ത്ര്യവും സംരക്ഷണവും നല്കി. നാട്ടുകാരും അറബികളും മറ്റ് വിദേശികളുമായി ഭരണാധികാരികളെ ഉദാഹരണമാക്കി സൗഹൃദത്തില് കഴിഞ്ഞു. ഇതിനിടെ ഒട്ടേറെ നാട്ടുകാര് അറബികളുടെ മതത്തിലേക്കു മാറുകയും ചെയ്തു. അങ്ങനെ മലബാറില് മാപ്പിള മുസ്ലീങ്ങള് എന്ന തനിമയാര്ന്ന വ്യക്തിത്വമുള്ള സമൂഹം ഉടലെടുത്തു.
ആദ്യകാലത്ത് മലബാര് സന്ദര്ശിച്ച സഞ്ചാരികളും ചരിത്രകാരന്മാരും പൊതുവേ ദൃശ്യമായ ഈ സൗഹൃദബന്ധങ്ങള് രേഖപ്പെടുത്തിയിട്ടുമുണ്ട്. എന്നാല് മൈസൂറിലെ മുസ്ലീം രാജാക്കന്മാരുടെ മലബാറിലേക്കുള്ള ആക്രമണം രാഷ്ട്രീയാനിശ്ചിതത്വത്തിന്റെ ചെറിയൊരു കാലഘട്ടം സൃഷ്ടിച്ചു. മൈസൂര് രാജാവ് സാമൂതിരിയെ യുദ്ധത്തില് തോല്പ്പിക്കുകയും ചെയ്തു. ഈ ആക്രമണകാലത്തും ഭൂരിപക്ഷം വരുന്ന മുസ്ലീം മാപ്പിളമാര് സാമൂതിരിയോടുള്ള കൂറ് തുടര്ന്നുവന്നു. മതവിശ്വാസങ്ങളും, താല്പര്യങ്ങളും മറികടക്കുന്നതായിരുന്നു പ്രാദേശിക നാടുവാഴികളോടും സാമൂതിരിയോടുമുള്ള ഈ വിധേയത്വം. ഇതിനു പുറമേ കണ്ണൂര് കേന്ദ്രമായി ചെറിയൊരു മുസ്ലീം നാടുവാഴി രാജ്യം അറക്കല് കുടുംബത്തിനു കീഴില് പുലര്ന്നു വന്നു. അറക്കല് സുല്ത്താനും ബീവിയും സാമാന്യം നീണ്ട കാലയളവില് പ്രാദേശിക നാടുവാഴിയായി അധികാരം ചെലുത്തിവന്നു.
മലബാറിലേക്കു പോര്ത്തുഗീസുകാരും മറ്റ് സാമ്രാജ്യത്വ ശക്തികളും എത്തിയതോടെ അവിടങ്ങളിലെ വാണിജ്യത്തില് അറബികള്ക്കുണ്ടായിരുന്ന മേല്ക്കൈ ക്ഷയിക്കാന് തുടങ്ങി. മലബാര് മേഖലയുടെ സമൃദ്ധിക്കും ഇത് തിരിച്ചടിയായി. ഇതോടെ പോര്ത്തുഗീസുകാരെ തുരത്താന് സാമൂതിരി നടപടികളെടുത്തു. മുസ്ലീങ്ങള് നാവികരായ കപ്പല്പടയായിരുന്നു സാമൂതിരിയുടെ പിന്ബലം. മരക്കാര്മാര് എന്നു വിളിച്ചുവന്ന സാമൂതിരിയുടെ നാവിക പോരാളികളായിരുന്നു ഈ സാമ്രാജ്യത്വ വിരുദ്ധ ശക്തികളോടുള്ള പോരാട്ടത്തില് നിര്ണ്ണായക പങ്കുവഹിച്ചത്. മരക്കാര്മാരുടെ ഇക്കാര്യത്തിലുള്ള നേതൃത്വവും സംഭാവനകളും മാനിച്ച് അവരുടെ നേതാക്കളെ കുഞ്ഞാലിമരക്കാര് എന്നു വിളിച്ചുവന്നു.
ഇക്കാലത്ത് സാമ്രാജ്യത്വവിരുദ്ധ പോരാട്ടങ്ങളില് കേരളം പ്രമുഖകേന്ദ്രമായി മാറി. പലപ്പോഴും മുസ്ലീങ്ങള് ഇതിന്റെ മുന്നണിയിലുണ്ടായിരുന്നു; സൂഫി പ്രമുഖനായ ഷെയ്ഖ് സൈനുദ്ദീനും ഷെയ്ഖ് മാമുക്കോയയും ഇവര്ക്ക് താത്വികമായ പിന്തുണനല്കി. പുറത്തുനിന്നുള്ള ആക്രമണകാരികളെ പ്രതിരോധിക്കുന്നതും, നീതിമാന്മാരായ ഭരണാധികാരികളെ പിന്തുണയ്ക്കുന്നതും മുസ്ലീങ്ങള്ക്ക് മതപരമായ കടമ തന്നെയാണെന്ന് ഇവര് ഉപദേശിച്ചു. ഭരണാധികാരികള് തങ്ങളുടെ പ്രജകളുടെ ക്ഷേമം മുന്നിര്ത്തി പ്രവര്ത്തിക്കുമ്പോള് അവരെ പിന്തുണയ്ക്കുകയാണ് വേണ്ടതെന്നായിരുന്നു ഇവരുടെ ന്യായം. നൂറു വര്ഷത്തോളം ഈ വിദേശശക്തികള്ക്കെതിരെയുള്ള പ്രതിരോധം നീണ്ടു നിന്നു. ഇതിനിടെ പോര്ത്തുഗീസുകാര് തങ്ങളുടെ ആസ്ഥാനം ഗോവയിലേക്കു മാറ്റി.
1757 ല് ഹൈദരാലിയുടെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള മൈസൂര് രാജവംശം മലബാറിനുനേരെ ആക്രമണം അഴിച്ചുവിട്ടു. മലബാര് അവരുടെ അധീനതയിലാക്കി. നാട്ടുകാരായ നാടുവാഴികള് തമ്മിലുള്ള അഭിപ്രായ വ്യത്യാസങ്ങളും കിടമത്സരവും ഹൈദരാലിയുടെ വിജയത്തിനു കളമൊരുക്കി. പരസ്പരം മത്സരിച്ചു നിന്ന നാടുവാഴികളുടെ കീഴിലായിരുന്ന മലബാറിനെ കീഴടക്കി ഒരൊറ്റ ഭരണത്തിന് കീഴിലാക്കിയത് ഹൈദരാലിയും തുടര്ന്നു അധികാരമേറ്റ ടിപ്പുസുല്ത്താനുമാണ്. മലബാറില് ഒട്ടേറെ ഭരണപരിഷ്കാരങ്ങള്ക്കും അവര് തുടക്കമിട്ടു.
ഹൈദരലിയും ടിപ്പുസുല്ത്താനും കര്ഷക കേന്ദ്രീകൃതമായ ഭൂപരിഷ്കരണങ്ങള്ക്കു തുടക്കമിട്ടു. മൈസൂര് ആക്രമണത്തില് നാടുവിട്ട ജന്മിമാരുടെ അധികാരബലം കുറക്കുന്നതായിരുന്നു ഈ നടപടികള്. മലബാറില് അക്കാലത്തു നിലനിന്ന ബഹുഭര്ത്തൃത്വം നിരോധിക്കാന് ടിപ്പുസുല്ത്താന് മുന്കൈയെടുത്തു. ബഹു ഭര്ത്തൃത്വം സാമൂഹ്യതിന്മയാണെന്നും, സ്വന്തം പിതാവ് ആരെന്നറിയാതെ കുട്ടികളുണ്ടാകാനേ ഇതു വഴിവക്കൂ എന്നായിരുന്നു ഇതിനു പറഞ്ഞ ന്യായം. കേരള ചരിത്രത്തില് സാമൂഹ്യപരിഷ്കരണത്തിനു തുടക്കമിട്ട ഒരു നടപടിയായിരുന്നു ഇത്.