मेडिटेशन एक ऐसी अवस्था है जिसमें विचार बिना किसी रुकावट के लगातार बहते रहते हैं। मेडिटेशन का सबसे बड़ा नतीजा समाधि है। समाधि आनंद की सबसे बड़ी अवस्था है। इस अवस्था में, बाहरी दुनिया से सारे कनेक्शन पूरी तरह खत्म हो जाते हैं। योग की प्रैक्टिस का आखिरी मकसद समाधि पाना है। समाधि के ज़रिए, साधक मोक्ष या मुक्ति पाता है। जो योगी समाधि तक पहुँचता है, वह अपने प्रारब्ध कर्मों को खत्म कर देता है, जो पिछले कर्मों से बनी किस्मत है। श्री नारायण गुरु, जो मेडिटेशन में पूरी तरह डूबे हुए थे, उन्होंने भी समाधि की इसी अवस्था को पाया था।
लगभग 1927 तक, श्री नारायण गुरु को लगने लगा था कि उनका दुनियावी मिशन खत्म होने वाला है। उन्होंने अपनी उम्र से जुड़ी सेहत की दिक्कतों पर बात करने के लिए डॉक्टरों का एक छोटा ग्रुप बुलाया। आयुर्वेदिक साइंस के अच्छे जानकार होने के कारण, वह अक्सर उनके साथ सोच-समझकर और समझदारी भरी बातें करते थे। बीमारी के दौरान भी, उनकी नैचुरल समझदारी और सूझ-बूझ बनी रही। बहुत ज़्यादा शारीरिक कमज़ोरी के बावजूद, उन्होंने खुशी-खुशी अपने आस-पास के लोगों से मदद ली। न्याय की गहरी भावना से प्रेरित होकर, वह अपनी चीज़ों और ज़िम्मेदारियों के बारे में होने वाली बातचीत में हिस्सा लेते थे। उन्होंने यह पक्का किया कि सभी ज़रूरी इंतज़ाम ध्यान से और साफ़-साफ़ किए जाएं।
16 जनवरी, 1928 को, श्री नारायण गुरु कोट्टायम में S.N.D.P. की मीटिंग में शामिल हुए। मीटिंग के बाद, वे वैक्कम में बेल्लूर मठ गए। वहाँ रहने के दौरान, उन्हें यूरिनरी ट्रैक्ट इन्फेक्शन हो गया। इस हालत में तुरंत डॉ. नागोजी राव को दिखाना ज़रूरी था। एक डिटेल्ड मेडिकल जांच में यूरिनरी डिसऑर्डर की गंभीर समस्या का पता चला। हर्निया होने से बीमारी और भी गंभीर हो गई। फिर डॉक्टरों ने उन्हें खास इलाज के लिए पलक्कड़ ले जाने का फैसला किया। वे पलक्कड़ में डॉ. कृष्णा के बंगले में रुके, जहाँ उन्हें थोड़ी राहत मिली। हालाँकि, डॉ. पंडाला की मेडिकल राय के आधार पर, उन्हें मद्रास ले जाने का फैसला किया गया। वे अपने कई शिष्यों के साथ मद्रास गए। डॉ. पंडाला के अंडर मद्रास में इलाज के पॉजिटिव नतीजे दिखे। उनकी हालत में काफी सुधार हुआ। हालाँकि, यूरिनरी रुकावट पूरी तरह से ठीक नहीं हुई थी। इलाज के इस फेज के बाद, गुरु ने देसी मेडिकल केयर जारी रखने की इच्छा जताई।
वे पलक्कड़ लौट आए और करीब एक हफ़्ते तक देसी इलाज करवाया। इसके बाद, उन्होंने त्रावणकोर लौटने का फ़ैसला किया। 1928 में, श्री नारायण गुरु वर्कला पहुँचे। उन्होंने श्री नारायण मठ के गेस्टहाउस में अपना इलाज जारी रखा। आराम के इस समय के दौरान, नटराज गुरु आत्मोपदेश शतकम के कुछ श्लोकों पर सवाल लेकर उनके पास आए। गुरु ने शब्दों में जवाब नहीं दिया। इसके बजाय, उन्होंने चुपचाप सवाल पूछने वाले की ओर देखा। नटराज गुरु ने बाद में लिखा कि गुरु के चेहरे से वह गहरा आध्यात्मिक ज्ञान झलक रहा था जो योग का ज्ञान देने वाले गुरुओं में देखा जाता है। लगभग उसी समय, गुरु ने नटराज गुरु के लिए पेरिस की सोरबोन यूनिवर्सिटी में आगे की पढ़ाई का इंतज़ाम किया। हालाँकि गुरु की बीमारी कुछ दिनों के लिए कम होती दिखी, लेकिन उनकी शारीरिक कमज़ोरी बहुत ज़्यादा बनी रही। फिर भी, वे अपने पास आने वाले बीमारों और गरीबों को आशीर्वाद देते रहे, और अपनी तकलीफ़ के बावजूद दया दिखाते रहे।
