श्री नारायण गुरु की समाधि की रस्मों के सारे इंतज़ाम पहले से ही ध्यान से प्लान किए गए थे। समाधि पीठम शिवगिरी पहाड़ी पर तैयार किया गया था। यह ठीक उसी जगह पर था जहाँ पहले ब्रह्म विद्या मंदिरम की नींव रखी गई थी। प्लाविला केशवन मेस्थिरी की पूरी देखरेख में, क्रिप्ट बनाया गया था। यह काम गुरु के शिष्यों के दिए गए निर्देशों के अनुसार ही किया गया था।
अगले दिन, अभिषेक करने के बाद, गुरु के शरीर को श्रद्धा के साथ तैयार किया गया। मठ से लाए गए फूलों से एक रथ को खूबसूरती से सजाया गया था। फिर श्री नारायण गुरु के शरीर को धीरे से रथ में रखा गया। प्रार्थना और भक्ति संगीत के साथ, रथ को जुलूस में ले जाया गया। इसे वनजाक्षी मेमोरियल पवेलियन ले जाया गया। वहां, भक्तों को उन्हें आखिरी श्रद्धांजलि देने का मौका दिया गया।
शाम को पाँच बजे, गुरु के शरीर को ले जाने वाला रथ पहाड़ी की चोटी की ओर बढ़ा। वहाँ, पवित्र राख से भरे कपूर के तख्तों के बीच, साधुओं ने श्रद्धा से श्री नारायण गुरु के शरीर को उठाया। फिर कब्र को गले तक सेंधा नमक, कपूर और चंदन से भर दिया गया। आधी रात तक सभी तय रस्में पूरी हो गईं। अगली सुबह, एक बार फिर अभिषेक किया गया। सिर को पवित्र राख और कपूर से ढक दिया गया। इसके बाद, समाधि के ऊपर पत्थर रख दिया गया। घटनाओं के एक बहुत ही मार्मिक मोड़ में, गुरु के उत्तराधिकारी, बोधानंद स्वामी ने सिर्फ़ तीन दिन बाद समाधि ले ली।
इसके बाद, गोविंदानंद स्वामी को मठ का मुखिया बनाया गया। श्री नारायण गुरु की समाधि के 41वें दिन मंडला रिचुअल करने का फैसला किया गया। यह रिचुअल गुरु के प्रति गहरी श्रद्धा दिखाने के लिए था। गरीबों और ज़रूरतमंदों को बहुत सारा खाना दिया गया। वैदिक हवन और दूसरे रस्मी प्रसाद भी चढ़ाए गए। जाने-माने साधुओं को इन रस्मों में हिस्सा लेने के लिए बुलाया गया। उन्हें दक्षिणा, कपड़े, तोहफ़े और एक खास रस्मी खाने से सम्मानित किया गया। इसके बाद, उन्हें यति पूजा नाम की एक रस्म के ज़रिए औपचारिक रूप से विदा किया गया। यति पूजा इस बात की सार्वजनिक पुष्टि का प्रतीक थी कि गुरु आध्यात्मिक ज्ञान की जीवित परंपरा को दिखाते हैं। इससे यह भी पता चलता था कि उनके बाद आने वाले लोग उस परंपरा को बनाए रखने और जारी रखने के लिए पक्के इरादे वाले हैं। फिर एक और ज़रूरी रस्म, मोक्ष दीपम (मुक्ति का दीपक) की गई। समाधि पर एक बड़ी कपूर की लौ से जले दीयों से पूरा इलाका रोशन हो गया। यह काम इस प्रार्थना का प्रतीक था कि गुरु पूरी तरह से परम तत्व में विलीन हो गए हैं और सब जगह व्याप्त हो गए हैं।
