जब लॉजिक पर आधारित कोई फिलॉसफी सिस्टम, जीते हुए अनुभव से बनता है, तो वह मेटाफिजिक्स के दायरे में आता है। मेटाफिजिक्स जीवन और होने की स्टडी है। सच तक दो तरह से पहुंचा जा सकता है। एक तरीका शुरुआत और अंत, खुलासे और परंपरा पर निर्भर करता है। इस तरीके को धर्म कहते हैं। दूसरा तरीका लॉजिक और आज़ाद सोच की आज़ादी पर निर्भर करता है। इस तरीके को फिलॉसफी कहते हैं। भारतीय फिलॉसफी की एक खास बात यह है कि इसका फोकस अंदर की दुनिया पर है। यह बाहर से देखने के बजाय अंदर की समझ को सबसे ज़्यादा अहमियत देता है।
दर्शनम, या विज़न, जीवन के सार की एक समझ है। इसका मुख्य मकसद आत्मा को उसके असली रूप को पहचानने में मदद करना है। ऐसी फिलॉसॉफिकल समझ सिर्फ़ मुक्ति का रास्ता दिखाने से कहीं ज़्यादा है। यह जीवन जीने के तरीके को गहराई से आकार देती है। यह इंसान की सोच और काम को भी गाइड करती है। श्री नारायण गुरु महान विचारकों की लंबी परंपरा में एक ज़रूरी कड़ी हैं। इस वंश में बुद्ध, महावीर और गौतम शामिल हैं। इसमें कणाद, कपिल और बादरायण भी शामिल हैं। दूसरे पूजनीय लोग जैमिनी, आदि शंकराचार्य और रामानुजाचार्य हैं। इन सभी गुरुओं ने इंसानियत को जीवन और सच्चाई के स्वरूप के बारे में गहरी समझ दी।
श्री नारायण गुरु को जो बात सबसे अलग बनाती थी, वह थी सभी दर्शनों की मुख्य बातों को मिलाकर उन्हें एक नई, मानवतावादी फिलॉसफी में ढालने की उनकी काबिलियत। योग, तंत्र, शैव और अद्वैत मुख्य फिलॉसफी परंपराएं थीं जिन्होंने उन पर असर डाला। यह असर उनकी लिखी बातों में साफ दिखता है। आध्यात्मिक उथल-पुथल के दौर में, गुरु ने योग और तंत्र के साथ गहराई से एक्सपेरिमेंट किया। उन्होंने शैव दर्शन को मुख्य रूप से तमिल भक्ति साहित्य के ज़रिए समझा। उन्होंने वेदांतिक ग्रंथों की गहरी स्टडी करके अद्वैत को समझा। गुरु की फिलॉसफी को बेहतर ढंग से समझने के लिए, आदि शंकराचार्य के अद्वैत को देखना फायदेमंद है। यह पहचानना कि शंकर का अद्वैत गुरु के नज़रिए से कैसे अलग है, गुरु के विचारों की खासियत को साफ करने में मदद करता है।
श्री नारायण गुरु ने अपनी फिलॉसॉफिकल सोच को अपनी लिखी बातों से बताया। उनकी खास रचनाओं में आत्मोपदेश शतकम, अद्वैत दीपिका और ब्रह्मविद्या पंचकम शामिल हैं। दूसरी ज़रूरी किताबें हैं अरिवु, दैव दशकम, दर्शनमाला और वेदांत सूत्रम। इन रचनाओं के ज़रिए, गुरु एक पक्के नॉन-डुअलिस्ट के तौर पर सामने आते हैं। वे एक शानदार कवि और त्यागी के तौर पर भी जाने जाते हैं।
श्री नारायण गुरु के जीवन की एक खास बात श्री विद्याधिराज चट्टम्पि स्वामी के साथ उनका करीबी रिश्ता था। वामनपुरम और तिरुवनंतपुरम में चट्टम्पि स्वामी के साथ रहते हुए, गुरु तैक्काड अय्यावु स्वामी के संपर्क में आए। अय्यावु स्वामी ने कड़े योगिक अनुशासन से कई सिद्धि अभ्यासों में महारत हासिल की थी। उनसे गुरु ने एडवांस्ड योगिक साधनाएँ सीखीं। गुरु के लिए, योग गहरी एकाग्रता के ज़रिए मन की ऊँची अवस्थाओं को पाने का एक तरीका था। बाद में उन्होंने अपनी योगिक और तपस्वी शक्तियों का इस्तेमाल निजी फ़ायदे के लिए नहीं, बल्कि पूरे समुदाय की मुक्ति के लिए किया।
दर्शनमाला में, श्री नारायण गुरु ने योग को मन का आत्मा के साथ मिल जाना बताया है। वे योग को वासनाओं (छिपी हुई आदतें) को दूर करने के रूप में समझाते हैं। इसमें मन को शरीर के अंदरूनी हिस्सों पर लगाना भी शामिल है। उनके भजनों से यह साफ़ है कि गुरु ने अपनी शुरुआती ज़िंदगी में योग किया था। वे योग को ईश्वरीय प्राप्ति का रास्ता मानते थे। जब उन्होंने ब्रह्म विद्यालय के छात्रों के लिए दर्शनमाला लिखी, तो गुरु एक सच्चे कर्म योगी की तरह जी रहे थे। ऐसा लगता है कि सुब्रमण्य कीर्तनम जैसी रचनाएँ इसी समय के दौरान लिखी गई थीं।