സമാധി ഇരുത്തല് കര്മ്മങ്ങള്ക്കുള്ള എല്ലാ സജ്ജീകരണങ്ങളും നേരത്തേ തന്നെ ചെയ്തിരുന്നു. ശിവഗിരിക്കുന്നിന്റെ ഏറ്റവും മുകളില് ബ്രഹ്മവിദ്യാമന്ദിരത്തിന് ശിലാസ്ഥാപനം നടത്തിയിരുന്ന സ്ഥലത്താണ് സമാധിപീഠം ഒരുക്കിയത്. സന്ന്യാസി ശിഷ്യരുടെ നിര്ദ്ദേശാനുസരണം ഗുരുഭക്തനായ പ്ലാവിള കേശവന് മേസ്തിരിയുടെ നേതൃത്വത്തിലാണ് കല്ലറ തയ്യാറാക്കിയത്. പിറ്റേ ദിവസം അഭിഷേകം നടത്തി വൈദികമഠത്തില് നിന്നും പുഷ്പങ്ങള് കൊണ്ടലങ്കരിച്ച രഥത്തില് ഭൗതികശരീരം ഇരുത്തി ജനങ്ങള് ചേര്ന്ന് പ്രാര്ത്ഥന, വാദ്യഘോഷം, എന്നിവയോടെ എഴുന്നെള്ളിച്ച്, വനജാക്ഷി സ്മാരകമണ്ഡപത്തില് ഭക്തജനങ്ങള്ക്ക് പ്രണാമം അര്പ്പിക്കുന്നതിനായി വെച്ചു.
അഞ്ചു മണിയോടെ ഭൗതികാവശിഷ്ടം വച്ചിരുന്ന രഥം എടുത്തു കൊണ്ട് കുന്നിന്മുകളിലേയ്ക്ക് ഘോഷയാത്രയായി പുറപ്പെട്ടു. കര്പ്പൂരപ്പലകകള് നിരത്തി, അതിനുമേല് ഭസ്മം നിറച്ച് സന്ന്യാസിമാര് ഗുരുവിന്റെ ശരീരം രഥത്തില് നിന്നും പുറത്തേയ്ക്കെടുത്തു. കഴുത്തു വരെ കുഴിഉപ്പ്, കര്പ്പൂരം, ചന്ദനം എന്നിവ കൊണ്ട് നിറച്ചു. രാത്രി പന്ത്രണ്ടു മണിയോടെയാണ് കര്മ്മങ്ങളെല്ലാം അവസാനിച്ചത്. പിറ്റേ ദിവസം രാവിലെ അഭിഷേകം നടത്തി ഭസ്മവും കര്പ്പൂരവും കൊണ്ട് ശിരസ്സ് മൂടിയശേഷം മൂടിക്കല്ല് സമാധിയ്ക്കു മുകളില് വെച്ചു. ഗുരുവിന്റെ അനന്തരഗാമിയായ ബോധാനന്ദസ്വാമികള് 3 ദിവസത്തിനുശേഷം സമാധിയായി.
അടുത്ത പിന്മുറക്കാരനായ ഗോവിന്ദാനന്ദ സ്വാമികളെ തുടര്ന്ന് മഠാധിപതിയായി വാഴിച്ചു. ഗുരു സമാധിയായതിന്റെ നാല്പത്തിയൊന്നാം ദിവസം മണ്ഡലപൂജ നടത്താന് തീരുമാനിച്ചു. ഗുരുവിന് ആദരവ് അര്പ്പിക്കുകയാണ് മണ്ഡലപൂജ കൊണ്ട് ഉദ്ദേശിക്കുന്നത്. വിപുലമായ തോതില് അന്നദാനം നടത്തി. മണ്ഡലപൂജാ ദിവസം ഹോമവും, പൂജാദികളും നടത്തി. പ്രധാനപ്പെട്ട സന്ന്യാസിമാരെ ക്ഷണിച്ചുവരുത്തി, ബഹുമാനിച്ച് ദക്ഷിണ, വസ്ര്തം, മറ്റു സമ്മാനങ്ങള്, വിശിഷ്ടമായ ആഹാരം എന്നിവ നല്കി അയയ്ക്കുന്ന യതി പൂജ നടത്തി.
ഗുരു പ്രതിനിധാനം ചെയ്തത് അധ്യാത്മജ്ഞാന പാരമ്പര്യം തന്നെയാണെന്നും അതേ പാരമ്പര്യം ഭാവിയിലും തുടര്ന്നുപോകാനും ഗുരുവിന്റെ അനന്തരഗാമികള് ആത്മാര്പ്പണം ചെയ്യുന്നുവെന്നുള്ള ഔപചാരികമായ പ്രകടനമാണ് യതിപൂജ. സമാധിസ്ഥാനത്ത് കൊളുത്തിയ ഒരു വലിയ കര്പ്പൂരദീപത്തില് നിന്നും അനേകം ദീപങ്ങള് ജ്വലിപ്പിച്ച് അവകൊണ്ട് പരിസരം മുഴുവന് അലങ്കരിക്കുന്നു. ഗുരു പൊലിഞ്ഞ് പൂര്ണ്ണമായി സര്വ്വ വ്യാപിയായി എന്നുള്ള പ്രാര്ത്ഥനയാണ് മോക്ഷദീപം എന്ന ഈ ചടങ്ങ്. ഇന്ന് ശിവഗിരി ലോകമെങ്ങും അറിയപ്പെടുന്ന ഒരു ആരാധനാകേന്ദ്രമാണ്.
ഗുരുവിന്റെ ഭൗതികാവശിഷ്ടം കല്ലറയിലിരുത്തിയ ശിവഗിരിക്കുന്നില് പിന്നീട് ഭക്തജനങ്ങള് അതിമനോഹരമായ ഒരു മഹാസമാധി മന്ദിരം പണി കഴിപ്പിച്ചു. എല്ലാ ദിവസവും അനേകം പേര് പല രാജ്യങ്ങളില് നിന്നും എത്തിച്ചേര്ന്ന് മഹാസമാധിയിലും ശാരദാ മഠത്തിലും ആരാധന നടത്തുന്നു. മറ്റേതൊരു ആദ്ധ്യാത്മിക ഗുരുവിനും ലഭിച്ചിട്ടില്ലാത്ത വിധത്തിലുള്ള അംഗീകാരവും, ബഹുമാനവുമാണ് ജീവിച്ചിരുന്ന കാലത്തു തന്നെ ഗുരുവിന് ലഭിച്ചത്. ഗുരുവിന്റെ ആത്മീയശക്തി തിരിച്ചറിഞ്ഞ ജനങ്ങള് വൈയക്തികവും, സാമൂഹികവുമായ പ്രശ്നങ്ങള് ഗുരുവിനു മുന്നില് അവതരിപ്പിച്ചു. അത്തരം പ്രശ്നങ്ങള്ക്ക് പരിഹാരം കണ്ടെത്തി, ജീവിതത്തെ ഉണര്വിലേയ്ക്കു നയിക്കേണ്ടതെങ്ങനെയെന്ന് ഗുരു ജനങ്ങള്ക്ക് കാണിച്ചു കൊടുത്തു.
മനുഷ്യരില് നിന്നും അകന്നു പൊയ്ക്കൊണ്ടിരുന്ന മാനവികമൂല്യത്തെ വീണ്ടെടുക്കുക എന്ന ലക്ഷ്യം ഗുരുവിന്റെ ചിന്തയിലും, മൊഴിയിലും, രചനയിലും നിറഞ്ഞു നിന്നു. മതാനുശാസനത്തിന്റെ വായ്മൊഴികളല്ല ഗുരുവില് നിന്നുയര്ന്നത്. മറിച്ച്, മതം അടിച്ചേല്പ്പിച്ചിരുന്ന ജീര്ണ്ണതകളെ എങ്ങനെ ഇല്ലാതാക്കാമെന്നതിനെക്കുറിച്ചുള്ള ആകുലതകളായിരുന്നു. നന്നായിത്തീരുന്ന മനുഷ്യന് എന്ന സങ്കല്പത്തെയാണ് അദ്ദേഹം മുന്നോട്ടു വെച്ചത്. ഒരേസമയം സാമൂഹ്യ പരിഷ്കര്ത്താവും, അദൈ്വതിയും, ആധ്യാത്മികാചാര്യനും കവിയും ഗുരുവില് ഒത്തു ചേര്ന്നിരിക്കുന്നു. തിന്മകള്ക്കെതിരെ ഗുരു തെളിച്ച നേരായ മാര്ഗ്ഗമാണ് ജീവിച്ചിരിക്കുമ്പോള്ത്തന്നെ ആദരവു നേടാന് ഗുരുവിനെ പ്രാപ്തനാക്കിയത്. ഇരുപതാം നൂറ്റാണ്ടിലെ ഏറ്റവും മഹത്വമാര്ന്ന വ്യക്തിത്വങ്ങളിലൊന്നായി അദ്ദേഹത്തിനു മാറാന് കഴിഞ്ഞതും അതുകൊണ്ടു തന്നെയാണ്.