ശ്രീനാരായണ ഗുരുവിന്റെ ക്ഷേത്ര സങ്കല്പം പരമ്പരാഗത ക്ഷേത്ര വ്യവസ്ഥകളില്നിന്ന് വ്യത്യസ്തവും സാമൂഹിക സമത്വത്തെ ആധാരമാക്കിയതുമായിരുന്നു. ക്ഷേത്രം ഒരു ജാതിയുടേയോ വിഭാഗത്തിന്റേയോ മാത്രം അവകാശസ്ഥലമല്ല, മറിച്ച് എല്ലാ മനുഷ്യര്ക്കും ആത്മീയ ഉന്നമനത്തിനുള്ള പൊതുസ്ഥലമാകണമെന്ന് ഗുരു ഉപദേശിച്ചു.
ഗുരുവിന്റെ ദൃഷ്ടിയില് ക്ഷേത്രം ആചാരങ്ങളും അന്ധവിശ്വാസങ്ങളും വളര്ത്തുന്ന ഇടമല്ല; മറിച്ച് ശുദ്ധി, നന്മ, വിദ്യാഭ്യാസം, സഹോദരത്വം എന്നിവ വളര്ത്തുന്ന കേന്ദ്രമായിരിക്കണം. അതുകൊണ്ടാണ് അദ്ദേഹം ക്ഷേത്രങ്ങളെ സാമൂഹിക നവോത്ഥാനത്തിന്റെ ഉപകരണങ്ങളായി ഉപയോഗിച്ചത്.
“ഒരു ജാതി, ഒരു മതം, ഒരു ദൈവം മനുഷ്യന്” എന്ന സന്ദേശത്തിലൂടെ, ദൈവം ഒരൊറ്റ സത്യമാണ് എന്നും മനുഷ്യര് തമ്മിലുള്ള ഭിന്നതകള് മനുഷ്യനിര്മ്മിതമാണെന്നും അദ്ദേഹം വ്യക്തമാക്കി. ക്ഷേത്രം മനുഷ്യരെ വേര്തിരിക്കുന്നതിനല്ല, ഒന്നിപ്പിക്കുന്നതിനാണെന്ന് ഗുരു പ്രവൃത്തിയിലൂടെ തെളിയിച്ചു.
സാമൂഹിക പരിഷ്ക്കരണത്തിന്റെയും ആധ്യാത്മിക നേതൃത്വത്തിന്റെയും സമന്വയം നാരായണഗുരുവിന്റെ പ്രവര്ത്തനങ്ങളില് തെളിഞ്ഞു നില്ക്കുന്നു. ഭാരതീയ ക്ഷേത്ര സങ്കല്പത്തിന് ഒരു പുതിയ കാഴ്ചപ്പാട് നല്കിയ സന്ന്യാസിയാണ് ശ്രീനാരായണഗുരു. കാലങ്ങളോളം നിലനിന്നിരുന്ന ദേവാലയ സങ്കല്പങ്ങളെ അദ്ദേഹം ചോദ്യം ചെയ്തു. ഗുരു നടത്തിയിട്ടുള്ള ക്ഷേത്രപ്രതിഷ്ഠകളും അതിലൂടെ അദ്ദേഹം മുന്നോട്ടു വെച്ച ആശയങ്ങളും അദ്ദേഹത്തിന്റെ ക്ഷേത്രസങ്കല്പങ്ങളെ വെളിപ്പെടുത്തുന്നു. അരുവിപ്പുറം ശിവലിംഗ പ്രതിഷ്ഠ, കുളത്തൂര് കോലത്തുകര ക്ഷേത്രം, തലശ്ശേരി ജഗന്നാഥ ക്ഷേത്രം, കോഴിക്കോട് ശ്രീകണ്ഠേശ്വര ക്ഷേത്രം, മുരുക്കുമ്പുഴ ശ്രീകാളകണ്ഠേശ്വരക്ഷേത്രം, ശിവഗിരി ശാരദാ പ്രതിഷ്ഠ, കോട്ടാര് പിള്ളയാര് ഗണപതി ക്ഷേത്രം, തൃശൂര് കാരമുക്ക് ക്ഷേത്രം, കളവംകോട് കണ്ണാടി പ്രതിഷ്ഠ, ആലുവ അദ്വൈതാശ്രമം, ഇവയെല്ലാം പ്രധാനപ്പെട്ട പ്രതിഷ്ഠകളിൽ ചിലതാണ്.