വാര്ദ്ധക്യസഹജമായ രോഗത്താല് പീഡിതനായ വേളയില് പല തരത്തിലുള്ള ചികിത്സകരുടെ ഒരു ചെറുസംഘം വിളിച്ചുകൂട്ടുകയും ഗുരു അവരോട് സംഭാഷണം നടത്തുകയും ചെയ്തിരുന്നു. ആയുര്വേദ ശാസ്ര്തത്തില് പ്രഗത്ഭനായിരുന്ന ഗുരു അവരുമായി വാദപ്രതിവാദങ്ങള് നടത്തുക പതിവായിരുന്നു. അസുഖ ബാധിതനായിരുന്ന വേളയിലും സ്വതസിദ്ധമായ ഫലിതമൊഴികള് അദ്ദേഹം ഉപേക്ഷിച്ചിരുന്നില്ല. ശരീരം തീരെ ബലഹീനമായിരുന്നപ്പോള് പോലും മറ്റുള്ളവരുടെ സഹായം സ്വീകരിക്കുവാന് വൈമനസ്യം കാണിക്കുകയും ചെയ്തിരുന്നു. സ്വന്തം ഭൗതിക സമ്പത്തുകളെയും, മറ്റു വ്യവഹാരങ്ങളെയും പറ്റിയുള്ള കൂടിയാലോചനകളില് നീതിബോധത്തോടെ പങ്കെടുക്കുകയും അവയ്ക്ക് ശരിയായ വ്യവസ്ഥകള് സൃഷ്ടിക്കുകയും ചെയ്തു.
1928 ജനുവരി 16-നു കോട്ടയത്തു വെച്ചു ചേര്ന്ന എസ്.എന്.ഡി.പി.യുടെ യോഗത്തില് ഗുരു പങ്കെടുത്തിരുന്നു. അവിടെ നിന്നും അദ്ദേഹം പോയത് വൈക്കത്തുള്ള ബേല്ലൂര് മഠത്തിലേക്കാണ്. എന്നാല് മഠത്തില് വെച്ച് മൂത്രസംബന്ധമായ അസുഖം അനുഭവപ്പെടുകയും, മെഡിക്കല് ഓഫീസറായ നാഗോജി റാവുവിനെ ആശ്രമത്തിലേക്ക് കൂട്ടിക്കൊണ്ടു വരികയും ചെയ്തു. വിദഗ്ദ്ധമായ പരിശോധനയില് മൂത്രാശയരോഗം, ഹെര്ണിയായുടെ ഉപദ്രവം എന്നിവ ഗുരുവിന്റെ ശരീരത്തെ കഠിനമായി ബാധിച്ചിരിക്കുന്നതായി കണ്ടെത്തി. വിദഗ്ദ്ധ ചികിത്സക്കായി പാലക്കാട്ടേയ്ക്ക് കൊണ്ടു പോകുവാന് തീരുമാനിച്ചു.
പാലക്കാട്ട് ഡോ.കൃഷ്ണന്റെ ബംഗ്ലാവില് ഗുരുവിന് വിശ്രമിക്കുവാനുള്ള സൗകര്യം ഏര്പ്പാടാക്കിയിരുന്നു. പാലക്കാട്ടു വന്നതിനു ശേഷം അല്പം ആശ്വാസം കിട്ടിയെങ്കിലും മദ്രാസ്സില് നിന്ന് ഡോ പണ്ടാല വന്ന് ഗുരുവിനെ പരിശോധിച്ചു. അദ്ദേഹത്തിന്റെ അഭിപ്രായപ്രകാരം മദ്രാസ്സിലേക്ക് കൊണ്ടു പോകുവാന് തീരുമാനിച്ചു. നിരവധി ശിഷ്യഗണങ്ങള് ഗുരുവിന്റെ കൂടെയുണ്ടായിരുന്നു. മദ്രാസ്സിലെത്തിയ ഗുരുവിന് ഡോക്ടര് പണ്ടാലയുടെ ചികിത്സയില് കുറച്ചു രോഗശമനമുണ്ടായി. എന്നാല് മൂത്രതടസ്സം പൂര്ണ്ണമായി മാറിയിരുന്നില്ല. മദ്രാസിലെ ചികിത്സ ഫലപ്രദമായിരുന്നു. അതിനെത്തുടര്ന്ന് നാട്ടുചികിത്സ നടത്തുന്നതാണുത്തമമെന്ന് ഗുരു അഭിപ്രായപ്പെട്ടു.
ഒരു ചികിത്സാവിധി പരാജയപ്പെടുന്നു എന്ന് ബോധ്യപ്പെടുമ്പോള് മറ്റൊന്നു ഫലപ്രദമെന്നു കണ്ടുപിടിക്കുവാന് അദ്ദേഹത്തിനു സാധിച്ചിരുന്നു. അതിനെത്തുടര്ന്ന് പാലക്കാട്ടേയ്ക്കു മടങ്ങി. ഒരാഴ്ചത്തെ നാട്ടുചികിത്സയ്ക്കു ശേഷം തിരുവിതാംകൂറിലേയ്ക്ക് മടങ്ങാന് തീരുമാനിച്ചു. 1928-ല് ഗുരു വര്ക്കലയിലെത്തി. ശിവഗിരി മഠം വക സത്രത്തില് താമസിച്ചു ചികിത്സ തുടങ്ങി. ആ വിശ്രമ സമയത്ത് നടരാജഗുരു `ആത്മോപദേശശതക'ത്തിലെ ചില പദ്യങ്ങളുടെ അര്ത്ഥം ഗുരുവിനോട് ആരായുകയുണ്ടായി. എന്നാല് മറുപടിയൊനും പറയാതെ, ചോദ്യകര്ത്താവിന്റെ നേരെ തിരിഞ്ഞു നോക്കുകയാണുണ്ടായത്.
ഗുരു വീണ്ടും മൗനത്തില് അമരുകയും ചെയ്തു. ആ സമയം ഗുരുവിന്റെ മുഖത്ത് യോഗാത്മകമായ ജ്ഞാനം പകര്ന്നു കൊടുക്കുന്ന ഗുരുക്കന്മാരുടെ ഭാവമായിരുന്നു നിഴലിച്ചതെന്ന് നടരാജഗുരു രേപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്. നടരാജഗുരുവിനെ ഉപരിപഠനത്തിനായി പാരീസിലെ സോര്ബോണിലേയ്ക്ക് വിടാന് ഗുരു തീരുമാനിച്ചിരുന്നു. കുറേ ദിവസത്തേയ്ക്ക് രോഗം ശമിച്ചതുപോലെ തോന്നിയെങ്കിലും ഗുരു ക്ഷീണിതനായിരുന്നു. വൈദിക മഠത്തിലെത്തി ഗുരുവിനെ പല വൈദ്യന്മാരും ചികിത്സിച്ചു. രോഗചികിത്സാ കാലത്തും തന്നെ അഭയം പ്രാപിക്കുന്ന രോഗികളെയും പാവങ്ങളെയും ഗുരു കാരുണ്യത്തോടെ അനുഗ്രഹിക്കുവാന് മടിച്ചില്ല.
1928 സെപ്റ്റംബര് 20, കന്നി 5-നു ഗുരുവിന്റെ മുറിയിലേയ്ക്കു കടന്നുവന്ന ശിഷ്യനോട് `നമ്മെ രാഹു ഗ്രസിച്ചു. ഇനിപോകണം' എന്ന് പറഞ്ഞു. പിന്നീട് ഉച്ചയ്ക്കു ശേഷം `നമുക്ക് എഴുന്നേറ്റിരിക്കണം, നല്ല ശാന്തി തോന്നുന്നു' എന്ന് പറഞ്ഞു കൊണ്ട് ഗുരു കിടക്കയില് എഴുന്നേറ്റിരിക്കാന് തുടങ്ങി. അപ്പോഴേയ്ക്കും എല്ലാവരും ചേര്ന്ന് പത്മാസനത്തിലിരുത്തി. ഈ സമയം ഗുരുവിനടുത്തിരുന്ന് ശ്രീ വിദ്യാനന്ദസ്വാമികള് `യോഗവാസിഷ്ഠം ജീവന്മുക്തിപ്രകരണം' വായിക്കുകയായിരുന്നു. മോക്ഷപ്രാപ്തിയെ വിവരിക്കുന്ന ഭാഗം വായിക്കുന്നതു കേട്ട് ഗുരു ധ്യാനനിഷ്ഠനായി മൃദുവായി ഭൗതികശരീരം വെടിഞ്ഞ് സമാധി പ്രാപിച്ചു.
തന്റേതല്ലാത്ത ഭൗതികശരീരത്തെ വെടിഞ്ഞ് തന്റേതായ ബ്രഹ്മ ശരീരത്തെ പ്രാപിച്ചിരിക്കുന്നതാണ് സമാധി. ശിവഗിരിമഠത്തില് നിന്ന് ഗുരുവിന്റെ സമാധി വിവരം അറിയിച്ചു കൊണ്ടുള്ള കൂട്ടമണി മുഴങ്ങി. ജനങ്ങള് ശിവഗിരി മഠത്തിലേക്കു പിന്നീട് പ്രവഹിക്കുകയായിരുന്നു.
