ऐसे समय में जब स्कूलों में पिछड़े समुदायों को प्रवेश नहीं दिया जाता था, ईष़वा समुदाय के कई बच्चे गुरुकुलम प्रणाली (गुरुकुल प्रणाली) के माध्यम से संस्कृत, ज्योतिष और आयुर्वेद में उच्च अध्ययन चाहते थे। कुडिपल्लिक्कूडम (आवासीय विद्यालय / रेजिडेंशियल स्कूल) में अपनी पढ़ाई पूरी करने के बाद, नाणु ने अपने मामा कृष्णन वैद्यर से संस्कृत और आयुर्वेद में अपनी अध्ययन जारी रखी।
नाणु ने शुरू में ही संस्कृत में महारत हासिल कर ली थी। इसके बाद वह भाषा में उच्च शिक्षा के लिए कुम्मम्बली रामन पिल्लई आशान के शैक्षिक केंद्र में शामिल हो गए। उन्होंने मध्य त्रावणकोर (तिरुवितांकूर) में कायमकुलम के प्रसिद्ध वारणप्पल्ली घर में रहकर के दौरान अपनी अध्ययन जारी रखी।
साहित्य के जानकार, संस्कृत के विद्वान और एक दयालु व्यक्तित्व कोचुकृष्णन पणिक्कर की देखरेख में, केरल के कई हिस्सों से छात्र वारणप्पल्ली में रहने और पढ़ने आते थे। इस दयालु शिक्षक ने नाणु के प्रति खास लगाव दिखाया और उन्हें गहरी कविताओं से जुड़ने के लिए प्रोत्साहित किया। अपने गुरु के कहने पर, नाणु ने गजेंद्र मोक्षम अम्मानप्पाट्टु, जो एक तरह का लोकगीत है, की रचना की। इस रचना को गुरु की पहली साहित्यिक रचना माना जाता है।
इस समय के दौरान, श्री नारायण गुरु ने अलग-अलग देवी-देवताओं की तारीफ़ में कई संस्कृत कविताएँ लिखीं। इस दौर की खास रचनाओं में विनायकष्टकम, वासुदेवष्टकम, गुहाष्टकम, भद्रकाली अष्टकम और देवीस्तवम शामिल हैं। नाणु के समय के विद्वानों में पेरुनेल्ली कृष्णन वैद्यर, वेलुत्तेरी केशवन वैद्यर और मणम्बूर गोविंदन आशान जैसे विद्वान शामिल थे। जहाँ उनमें से कई को रोमांटिक कविताएँ लिखना और सुनाना पसंद था, वहीं नाणु ज़िंदगी को गहराई से सोचते थे। वह गहरी दार्शनिक विचारों में डूब जाते थे और अपने प्यारे देवी-देवताओं के भजनों के ज़रिए अपनी भक्ति दिखाते थे। हालाँकि, पेचिश के एक गंभीर अटैक की वजह से उन्हें वारणप्पल्ली में अपना रहना छोड़कर इलाज के लिए घर लौटना पड़ा।
अपनी अध्ययन पूरी करने के बाद, नाणु ने चेम्पष़न्ति और कडक्कावूर में आवासीय स्कूल खोले। उन्होंने बच्चों को संस्कृत पढ़ाना शुरू किया, और नाणु भक्तन धीरे-धीरे नाणु आशान (मास्टर) के नाम से जाने जाने लगे। उन्होंने अन्चुतेंगु के एक स्कूल में 'गीता गोविंदम' पढ़ाने का निमंत्रण भी स्वीकार किया। नाणु ने यह अवधि पढ़ने, ध्यान और भक्ति में डूबे हुए बिताई। उन्हें यह एहसास होने लगा था कि अस्पृश्यता और जातिगत भेदभाव समाज की घातक बुराइयाँ हैं।
