नारायण गुरु ने मौजूदा मंदिर अवधारणाओं को संशोधित किया। इसे हिंदू धर्म में विकृत मान्यताओं, अंधविश्वासों और अनैतिक प्रथाओं के खिलाफ गुरु की सौम्य अवज्ञा के रूप में माना जा सकता है। गुरु को 51 मंदिर प्रतिष्ठापन करने के लिए जाना जाता है। इनमें 23 शिव प्राण-प्रतिष्ठा, 3 देवी प्राण-प्रतिष्ठा, 14 सुब्रह्मण्य प्राण-प्रतिष्ठा, 2 गणपति प्राण-प्रतिष्ठा और 9 प्राण-प्रतिष्ठा शामिल हैं जो किसी पुरुष या महिला देवता के नहीं हैं। बाद वाले में दीपक, पट्टिका, दर्पण, प्रणवम (ओम ध्वनि), चिलंबु (पैर की पायल) और पीठम (पवित्र आसन) शामिल हैं। गुरु के सभी मंदिर प्राण-प्रतिष्ठा सुबह जल्दी किए गए थे।
श्री नारायण गुरु ने आम लोगों के लिए भगवान की पूजा करने का एक नया रास्ता खोला। उन्होंने धीरे-धीरे पूजा को सख्त रूपों और चीज़ों से दूर ले गए। अद्वैत आश्रम में कोई मंदिर या मूर्ति नहीं है। यह गुरु के समर्पण के तरीके का तीसरा स्टेज है। इस स्टेज पर, पूजा में कोई भी चीज़ शामिल नहीं होती। पारंपरिक मंदिर, जिनमें रीति-रिवाज और त्योहार होते हैं, पूजा का पहला लेवल बनाते हैं। शारदा मठ, जो खास तौर पर ध्यान के लिए बनाया गया है, दूसरे लेवल को दिखाता है। अद्वैत आश्रम, जिसमें कोई मूर्ति या मंदिर का ढांचा नहीं है, तीसरे और सबसे ऊंचे लेवल को दिखाता है। ये सभी स्टेज मिलकर गुरु के आध्यात्मिक एहसास के रास्ते को दिखाते हैं। वे उनकी इस समझ को दिखाते हैं कि मंदिरों समेत धार्मिक संस्थाएं धीरे-धीरे अपनी अहमियत खो रही थीं।
श्री नारायण गुरु ने मंदिरों को समाज सुधार के ज़रिया बनाकर ऊँची जातियों के दबदबे को चुनौती दी। इस तरीके का बहुत ऐतिहासिक महत्व था। उन्होंने लोगों की मांगों पर मंदिर बनवाए। इसके साथ ही, उन्होंने लोगों को सही पूजा-पाठ में गाइड करने के लिए भजन भी लिखे। शुरू में, ये मंदिर पारंपरिक धार्मिक निशानों पर आधारित थे। समय के साथ, गुरु ने इस सोच को लगातार बेहतर बनाया और एक्सपेरिमेंट किए। उन्होंने रोशनी, लैंप और शीशे जैसी चीज़ें शुरू कीं। उन्होंने अद्वैत आश्रम भी बनाया। इन सभी का मकसद लोगों को अद्वैत के विचार की ओर ले जाना था। आखिरकार, यह समझा जा सकता है कि गुरु ने आगे मंदिर बनाने से दूरी बना ली। उन्हें एहसास हुआ कि मंदिर उनके मुख्य मकसद से दूर जा रहे हैं। फिर भी, उन्होंने जो पूजा का तरीका शुरू किया, वह इन शुरुआती तरीकों से आगे नहीं बढ़ पाया।