भारतीय परंपरा में, मूर्तियों को भगवान की मौजूदगी और दिव्य अनुभव का एक सामंजस्यपूर्ण मेल माना जाता था। इस तरह मूर्ति पूजा भक्ति का दिखने वाला और ठोस रूप बन गई। केरल और आस-पास के इलाकों में श्री नारायण गुरु द्वारा किए गए मंदिरों की प्राण-प्रतिष्ठा को मोटे तौर पर अलग-अलग चरणों में समझा जा सकता है। पहले चरण में पुरुष और महिला देवताओं को दिखाने वाली पत्थर की मूर्तियों की प्राण-प्रतिष्ठा शामिल थी। यह चरण 1888 में ऐतिहासिक अरुविप्पुरम शिव मंदिर की प्राण-प्रतिष्ठा के साथ शुरू हुआ। दूसरे चरण ने प्रतीकात्मक प्राण-प्रतिष्ठा की ओर एक अहम बदलाव दिखाया। यह 1912 में शिवगिरी में शारदा की प्राण-प्रतिष्ठा के साथ शुरू हुआ। 1916 में अद्वैत आश्रम के बनने से तीसरे चरण का संकेत मिला। इन लगातार चरणों के ज़रिए, गुरु ने मंदिर के विचार को नए मतलब और नज़रिए दिए। उनके प्राण-प्रतिष्ठा ने मंदिरों को आध्यात्मिक बराबरी, अंदर की जागृति और सामाजिक बदलाव के सेंटर के तौर पर फिर से परिभाषित किया।
श्री नारायण गुरु की मौजूदगी में, कुदरती खूबसूरती से भरपूर अरुविप्पुरम धीरे-धीरे भक्तों के लिए एक पनाहगाह बन गया। इस बदलाव की वजह से गुरु को पूजा के लिए एक खास जगह की ज़रूरत महसूस हुई। वह समझते थे कि मानसिक गुलामी से आज़ादी के लिए पूजा की आज़ादी ज़रूरी है। ऐसे समय में जब जाति व्यवस्था के हिसाब से बने बड़े मंदिरों में ज़्यादातर लोगों को बाहर रखा जाता था, गुरु ने खुद भगवान को एक नई समझ देने की कोशिश की। उनका मुख्य मकसद पिछड़े समुदायों की आध्यात्मिक गुलामी को खत्म करने का रास्ता खोजना था। उन्होंने जो कोशिश की, वह सच्ची आज़ादी के तरीके के तौर पर आध्यात्मिकता पर मज़बूती से टिकी थी।
1888 में शिवरात्रि के पवित्र दिन की आधी रात को, गुरु ने नेय्यर नदी में डुबकी लगाई और शिवलिंग के आकार के पत्थर के टुकड़े के साथ फिर से सतह पर आए। कुछ देर गहरे ध्यान के बाद, उन्होंने सुबह करीब 3 बजे अरुविप्पुरम शिव मंदिर में बने अस्थायी मंदिर में पत्थर की प्राण-प्रतिष्ठा की। बाद में, उनके शिष्य कुमारन आशान ने लिखा कि लिंग का पहला अभिषेक आँसुओं से किया गया था।
श्री नारायण गुरु अपने काम के क्रांतिकारी नेचर को पूरी तरह जानते थे। इसके ज़रिए, उन्होंने दिखाया कि आध्यात्मिक अधिकार और ब्राह्मणत्व जन्म से नहीं, बल्कि कर्म से मिल सकता है। लेकिन, शिव की प्रतिष्ठापन से बहुत बड़ा विवाद खड़ा हो गया। गुरु ने ज़्यादातर विरोध का जवाब शांत तर्क और लॉजिकल क्लैरिटी से दिया। जब खास जातियों के लोगों ने भगवान की पूजा करने के उनके अधिकार पर सवाल उठाया, तो उन्होंने बस इतना जवाब दिया, “हमने अपने शिव की प्रतिष्ठापन की।” इस जवाब में, “हम” और “हमारा” शब्द बराबरी, सबकी मर्ज़ी और सबके प्यार का एक मज़बूत ऐलान थे।
