श्री कंठेश्वर मंदिर कोष़िक्कोड कॉर्पोरेशन स्टेडियम के पास है। मंदिर बनाने के आइडिया पर एक मीटिंग में चर्चा हुई, जिसमें श्री नारायण गुरु के शिष्य चैतन्य स्वामी शामिल हुए थे। इस मीटिंग के दौरान, मंदिर बनाने की ज़रूरत को ऑफिशियली प्रपोज़ किया गया। चैतन्य स्वामी ने बाद में खुद षटाधारा, या छह बेस, की प्रतिष्ठापन की। यह आध्यात्मिक अवधारणा इंसान के शरीर में चक्रों को चेतना के छह अलग-अलग लेवल से जोड़ता है।
गुरु ने वहां से मिले शिवलिंग को मंदिर के तालाब में स्थापित कर दिया। बाद में उन्होंने मंदिर का नाम श्री कंठेश्वर रखा। गुरु के निर्देशों का पालन करते हुए, मंदिर को पलनी मुरुगन मंदिर के मॉडल पर बनाया गया। मालाबार में बहुत कम दिखने वाला आर्किटेक्चरल स्टाइल अपनाया गया। एक मंडप के साथ एक बड़ा तालाब बनाया गया। मंडप चारों तरफ से पानी से घिरा हुआ है, जो मंदिर की खासियत को और बढ़ाता है।
तिरुवनंतपुरम जिले में स्थित वरकला गुरुदेव के संदेशों का प्रचार करने के लिए प्रसिद्ध एक महत्वपूर्ण सांस्कृतिक केंद्र है। नारायण गुरु ने स्वयं वरकला सुरंग के पूर्व में पहाड़ी का नाम 'शिवगिरी' रखा था। शिवगिरी के भीतर, ज्ञान की देवी को समर्पित मंदिर शारदा मठ के रूप में जाना जाता है, जो उनके अन्य सभी से स्पष्ट रूप से अलग है। यहां, पूजा के प्रति अधिक परिष्कृत दृष्टिकोण देखने को मिलता है। 1912 में किए गए शारदा प्रतिष्ठापन ने गुरु की प्रतिष्ठा की गतिविधियों के दूसरे चरण की शुरुआत को महत्वपूर्ण रूप से चिह्नित किया।
उस समय के मंदिरों में आम तांत्रिक रस्मों के बिल्कुल उलट, शारदा मठ ने ऐसी प्रथाओं से परहेज किया। पारंपरिक चढ़ावे को जानबूझकर बाहर रखा गया। बड़े जुलूस नहीं निकाले गए। बड़े त्योहार भी नहीं मनाए गए। इसके बजाय, ज्ञान की देवी के एक प्रतीकात्मक रूप की प्राण-प्रतिष्ठा की गई। उन्हें कमल पर बैठा दिखाया गया है। खास बात यह है कि शारदा की प्राण-प्रतिष्ठा उसी मौके पर हुई जिस दिन S.N.D.P. योगम की नौवीं सालगिरह थी।
शारदा मंदिर की स्थापना के सिलसिले में ही श्री नारायण गुरु ने गहरा भजन 'जननी नवरत्न मंजरी' लिखा था। शारदा मठ बनाना शुरू करने से पहले, गुरु ने दुनिया भर के कई मंदिरों की तस्वीरों को ध्यान से पढ़ा। इन विवरणों की समीक्षा करने के बाद, उन्होंने मठ के लिए वास्तुशिल्प प्रेरणा के रूप में कॉन्स्टेंटिनोपल में एक मंदिर को चुना। परिणामस्वरूप शारदा मंदिर एक अष्टकोणीय हॉल है, जो बहु-रंगी कांच पैनलों से सुसज्जित है, जिसे अधिकतम प्रकाश और वायु प्रवाह सुनिश्चित करने के लिए विचारपूर्वक डिजाइन किया गया है। गुरु ने जोर देकर कहा कि एक अंधेरे गर्भगृह की आवश्यकता नहीं है, इसके बजाय सभी तरफ खिड़कियां रखने पर जोर दिया ताकि पर्याप्त रोशनी और वायु-संचार सुनिश्चित हो सके।
शारदा की प्रतिष्ठा के बाद, मंदिर अवधारणा पर श्री नारायण गुरु की समझ में एक साफ़ बदलाव देखा जा सकता है। भजनों का जाप करने और ध्यान करने में भक्तों की सुविधा के लिए शारदा मठ विशिष्ट रूप से संरचित है। इसकी बनावट रीति-रिवाजों के बजाय सोचने-समझने को बढ़ावा देती है। यहाँ, यह सोच कि ‘ज्ञान ही ईश्वर है’, अमल में लाई गई है। यह विचार शारदा की प्रतिष्ठा में सबसे पूरी तरह और साफ़ तौर पर दिखता है।
