നാരായണഗുരു തന്റെ ആസ്ഥാനം അരുവിപ്പുറത്തു നിന്നും ശിവഗിരിയിലേക്കു മാറ്റുന്നത് 1904-ലാണ്. ശിവഗിരിയെ പ്രസ്ഥാനത്തിന്റെ തലസ്ഥാനവും, തീര്ത്ഥാടന കേന്ദ്രവുമായി സങ്കല്പിച്ചു കൊണ്ടായിരുന്നു തന്റെ തുടര്ന്നുള്ള ഓരോ പ്രവര്ത്തനവും നടത്തിയിരുന്നതെന്ന് കരുതേണ്ടിയിരിക്കുന്നു. വര്ക്കലക്കുള്ള പൗരാണികത്വം, ജനാര്ദ്ദന സ്വാമിക്ഷേത്രം, പ്രകൃതി സൗന്ദര്യം, കണ്വാദി മഹര്ഷിമാരുടെ തപോഭൂമി, പ്രകൃതിദത്തമായ സ്നാനഘട്ടങ്ങള്, നാലു വശവും മലകളാല് ചുറ്റപ്പെട്ട കുന്നിന് പ്രദേശം ഇവയെല്ലാം കണ്ടുകൊണ്ടാകാം ഗുരു തന്റെ ആസ്ഥാനകേന്ദ്രത്തിന് `ശിവഗിരി' എന്ന് പേരിട്ടത്. വിദ്യാദേവതയായ ശാരദാദേവിക്കും മത മഹാപാഠശാലക്കും ശിവഗിരിയില് തന്നെയാണ് ആസ്ഥാനം കണ്ടെത്തിയത്. തന്റെ മഹാസമാധി സ്ഥാനവും ശിവഗിരിയില് തന്നെയാകട്ടെ എന്ന് ഗുരു നിശ്ചയിച്ചതും ഇക്കാരണത്താലാവം.
ശിവഗിരി എന്നാല് ശിവന്റെ ഗിരി അതായത് കൈലാസം. ഐശ്വര്യ പൂര്ണ്ണമായ കുന്ന് എന്നും ഇതിനര്ത്ഥമുണ്ട്. പ്രാചീന സന്ദേശകാവ്യമായ `ഉണ്ണുനീലി സന്ദേശത്തിലും' വര്ക്കലയിലെ ജലസ്രോതസ്സിനെക്കുറിച്ചും അതില് നിന്നൂറിവരുന്ന നിര്മ്മലമായ ജലത്തെക്കുറിച്ചും ഈ കൃതിയില് പരാമര്ശമുണ്ട്. ദക്ഷിണകാശിയെന്ന അപരനാമത്തിലാണ് വര്ക്കല ഇന്നും അറിയപ്പെടുന്നത്. ജനാര്ദ്ദനസ്വാമി ക്ഷേത്രവും, ശിവഗിരി കുന്നിന്മുകളിലെ ശിവക്ഷേത്രവും, പാപനാശം കടപ്പുറവുമാണ് ഈ പ്രദേശത്തിന് ആ പേര് നേടിക്കൊടുത്തത്. പടിഞ്ഞാറന് കടല്ത്തീരമായ പാപനാശം ഇന്നും ഹിന്ദുക്കളുടെ പുണ്യതീര്ത്ഥാടന കേന്ദ്രമാണ്.
വര്ക്കല തുരപ്പ് എന്ന ചരിത്രപ്രസിദ്ധമായ ഗുഹയ്ക്ക് സമീപമാണ് ശിവഗിരി സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നത്. കാട് പിടിച്ചു കിടന്ന ആ പ്രദേശം ഗുരുവിന്റെ ആഗ്രഹപ്രകാരം, വെട്ടിമാറ്റി ഔഷധമൂല്യങ്ങളുള്ളതും, കാര്ഷിക പ്രാധാന്യമുള്ളതുമായ നിരവധി സസ്യങ്ങള് വെച്ചുപിടിപ്പിച്ചു. ഇവ പിന്നീട് വളര്ന്ന് നിറഞ്ഞപ്പോള് മനുഷ്യോപകാരപ്രധാനമായ പ്രദേശമായി മാറി. ഗുരുവിന് തന്റെ ദേശാടനത്തിനിടയില് ഈ പ്രദേശത്തിന്റെ ചരിത്ര പ്രാധാന്യത്തെക്കുറിച്ചും, പ്രകൃതിയുടെ സവിശേഷതയെക്കുറിച്ചും അറിവുകള് ലഭിച്ചിരിക്കാം. കൂടാതെ, തന്റെ ഗുരുവായ കുമ്മമ്പിള്ളില് രാമന് പിള്ള രചിച്ച `വര്ക്കല മാഹാത്മ്യം' എന്ന കൃതിയിലൂടെ ലഭിച്ച അറിവുമാവാം തന്റെ പ്രവര്ത്തനങ്ങളുടെ കേന്ദ്രമായി ഈ പ്രദേശം തെരഞ്ഞെടുക്കുവാന് കാരണം.
ശ്രീനാരായണ ഗുരുവിന്റെ വിപ്ലവകരമായ സാമൂഹിക കാഴ്ചപ്പാടുകളുടെ പ്രതിഫലനമാണ് ശിവഗിരി തീർത്ഥാടനം. ഈ തീർത്ഥാടനം കേവലം മതപരമായ ചടങ്ങുകൾക്ക് അപ്പുറം അറിവിനും സംസ്കാരത്തിനും പ്രാധാന്യം നൽകുന്നതായിരുന്നു. ക്ഷേത്രപ്രവേശനം നിഷേധിക്കപ്പെട്ടവർക്ക് ആരാധനാ സ്വാതന്ത്ര്യം ഉറപ്പാക്കുന്നതിനൊപ്പം, സമുദായത്തിലെ കുട്ടികൾക്ക് വൈദികവും ലൗകികവുമായ വിദ്യാഭ്യാസം നൽകുന്നതിനുള്ള വിദ്യാലയങ്ങൾ ഗുരു ശിവഗിരിയിൽ സ്ഥാപിച്ചു.
പരമ്പരാഗത തീർത്ഥാടനങ്ങളിലെ കഠിനമായ വ്രതാനുഷ്ഠാനങ്ങളെയും ആർഭാടങ്ങളെയും ഗുരു നിരാകരിച്ചു. ലളിതമായ മഞ്ഞവസ്ത്രം ധരിച്ച്, ജനുവരി ഒന്നിന് ആധുനിക രീതിയിലുള്ള തീർത്ഥാടനം നടത്താനാണ് അദ്ദേഹം നിർദ്ദേശിച്ചത്. ശാരദാ മഠത്തിലെ വിദ്യാരൂപിയായ പ്രതിഷ്ഠയിലൂടെ വിജ്ഞാനമാണ് യഥാർത്ഥ ദൈവമെന്ന് അദ്ദേഹം ബോധ്യപ്പെടുത്തി. ജാതി-മത ഭേദമന്യേ എല്ലാവർക്കും സന്ന്യാസവും ആത്മീയതയും പ്രാപ്യമാക്കിയ ശിവഗിരി, ഭാരതീയ തീർത്ഥാടന സങ്കൽപ്പങ്ങളെ പരിഷ്കരിച്ചുകൊണ്ട് ഒരു വിജ്ഞാന കേന്ദ്രമായി ഇന്നും നിലകൊള്ളുന്നു. ആചാരബദ്ധമായ ഭക്തിയേക്കാൾ ഉപരിയായി വ്യക്തിയുടെയും സമൂഹത്തിന്റെയും സമഗ്രമായ ഉന്നമനമാണ് ഈ തീർത്ഥാടനത്തിലൂടെ ഗുരു ലക്ഷ്യം വെച്ചത്.