അവശ ജനവിഭാഗങ്ങളുടെ ഉയര്ച്ചയ്ക്കു വേണ്ടി സമുദായ സംഘടനകളുടെ രൂപീകരണവും, ആചാരപരിഷ്ക്കാരങ്ങളും മാത്രമല്ല അതിനപ്പുറം അവര്ക്ക് നിഷേധിച്ചിരുന്ന സ്വാതന്ത്ര്യത്തെ വീണ്ടെടുക്കുവാനും ശ്രീ നാരായണഗുരു ശ്രമം നടത്തിയിരുന്നു. അവര്ണ്ണ ജനവിഭാഗങ്ങള്ക്ക് സഞ്ചാര സ്വാതന്ത്ര്യവും, ക്ഷേത്ര പ്രവേശനവും ലക്ഷ്യമിട്ടുള്ള ഒരു സമരമായിരുന്നു വൈക്കം സത്യാഗ്രഹം. ഈ സമരത്തിന്റെ പ്രധാന ലക്ഷ്യം അയിത്തോച്ചാടനമായിരുന്നു. പത്തൊന്പതാം നൂറ്റാണ്ടിലെ കേരളം മനുഷ്യരെ പലതായി വിഭജിച്ച് അയിത്താചാരത്തെ ക്രമപ്പെടുത്തിയ ഒരു പ്രദേശമായിരുന്നു. മതത്തെ കേന്ദ്രസ്ഥാനത്ത് നിര്ത്തിയിരുന്ന അന്നത്തെ ഭരണകൂടങ്ങള് അവര്ണ്ണരെ ക്രൂരമായി ദ്രോഹിക്കുകയും അവര്ക്കെതിരെ നീതിനിഷേധം നടത്തുകയും ചെയ്തിരുന്നു.
അക്കാലത്ത് ക്ഷേത്രങ്ങള് അനാചാരങ്ങളുടെ കേന്ദ്രമായി മാറിയിരുന്നു. ഹിന്ദുദൈവത്തില് വിശ്വസിക്കുന്ന അവര്ണ്ണന് ക്ഷേത്രത്തില് പ്രവേശിക്കുവാനോ, ആരാധന നടത്തുവാനോ അവകാശമില്ലായിരുന്നു. ക്ഷേത്രങ്ങളുടെ അടുത്തുള്ള പൊതുവഴിയിലൂടെ നടക്കുവാനുള്ള സ്വാതന്ത്ര്യവും നിഷേധിച്ചിരുന്നു. എന്നാല് മറ്റു മതങ്ങള് സ്വീകരിച്ച അവര്ണ്ണര്ക്കും, മറ്റു മതസ്ഥര്ക്കും സഞ്ചരിക്കുന്നതിന് യാതൊരു തടസ്സവുമുണ്ടായിരുന്നില്ല. ഇത്തരം നീതിനിഷേധത്തിനെതിരെയുള്ള സമരമായിരുന്നു വൈക്കം സത്യാഗ്രഹം.
വൈക്കം ക്ഷേത്രത്തിന്റെ ചുറ്റുമുള്ള പൊതുവഴിയിലൂടെ നടക്കുവാനുള്ള അവകാശം നേടിയെടുക്കുന്നതിന് ഇരുപതു മാസങ്ങളോളം നീണ്ട സമരം നയിക്കേണ്ടി വന്നു. 1924 മാര്ച്ചില് തുടങ്ങിയ സമരം 1925 നവംബറില് മഹാത്മാഗാന്ധിയുടെ നേതൃത്വത്തിലാണ് അവസാനിപ്പിച്ചത്. നാരായണ ഗുരുവിന്റെ ശിഷ്യനും, കോണ്ഗ്രസ് നേതാവുമായിരുന്ന ടി. കെ. മാധവനാണ് സമരത്തിന്റെ നേതൃനിരയിലുണ്ടായിരുന്നത്. കെ.പി. കേശവമേനോന്, കെ. കേളപ്പന്, മന്നത്തു പത്മനാഭന് തുടങ്ങിയവരും ഈ സമരത്തിനു നേതൃത്വം നല്കി. അയിത്തോച്ചാടന സമരങ്ങള്ക്ക് ഗാന്ധിജിയുടെയും കോണ്ഗ്രസ്സിന്റെയും പിന്തുണ ലഭിച്ചത് ടി.കെ. മാധവന്റെ ശ്രമം കൊണ്ടാണ്. ഗുരുവിന്റെ പ്രവര്ത്തനങ്ങളോട് യോജിപ്പുണ്ടായിരുന്ന അദ്ദേഹം ക്ഷേത്ര പ്രവേശനത്തിനും സഞ്ചാര സ്വാതന്ത്ര്യത്തിനും വേണ്ടി പോരാടുവാന് മുന്നോട്ടു വന്നു. പെരിയാര് ഇ.വി. രാമസ്വാമി നായ്ക്കര് സത്യാഗ്രഹത്തില് സജീവമായി പങ്കെടുത്തു. പഞ്ചാബില് നിന്ന് ശിരോമണി അകാലിദള് പ്രവര്ത്തകര് സമരത്തെ പിന്തുണയ്ക്കാന് കേരളത്തിലെത്തി.
ഒടുവില് വൈക്കം ക്ഷേത്രത്തിനു ചുറ്റുമുള്ള മൂന്നു റോഡുകളില് അവര്ണ്ണര്ക്ക് പ്രവേശിക്കുവാന് അനുവാദം നല്കി. വൈക്കം സത്യാഗ്രഹത്തില് ശ്രീനാരായണ ഗുരുവിന്റെയും, ശിഷ്യഗണങ്ങളുടേയും, എസ്.എന്.ഡി.പി.യുടെയും പങ്ക് വലുതാണ്. ആചാരപരിഷ്ക്കരണത്തില് കാണിച്ച അതേ താത്പര്യത്തോടെ അവശ ജനവിഭാഗത്തിന്റെ സ്വാതന്ത്ര്യം നേടിയെടുക്കുന്നതിലും ഗുരുവിന്റെ ഇടപെടല് നിര്ണ്ണായകമായിരുന്നു.വൈക്കം ക്ഷേത്രപരിസരത്ത് ഗുരുവിന്റെ ഉടമസ്ഥതയിലുള്ള വെല്ലൂർ മഠം സമരക്കാർക്ക് ക്യാമ്പായി വിട്ടുകൊടുത്തത് സത്യാഗ്രഹത്തിന് വലിയ കരുത്തായി. കേവലം ഉപദേശങ്ങൾക്കപ്പുറം, സമരപ്പന്തലിൽ ഖദർ ധരിച്ചെത്തിയ ഗുരു, സത്യാഗ്രഹ ഫണ്ടിലേക്ക് വലിയൊരു തുക സംഭാവന നൽകുകയും ചെയ്തു. സമരരീതികളിൽ മാറ്റം വരുത്താൻ നിർദ്ദേശിച്ച ഗുരു, നിരോധനമുള്ള വഴിയിലൂടെ നടക്കണമെന്നും തടഞ്ഞാൽ അവിടെത്തന്നെ ഇരിക്കണമെന്നും ഉപദേശിച്ചു. കൂടാതെ, സത്യാഗ്രഹികളെ മർദ്ദിക്കുന്നതിനെതിരെ ശക്തമായ നിലപാടെടുക്കാൻ അദ്ദേഹം പ്രേരിപ്പിച്ചു. സമരത്തിന്റെ ഭാഗമായി വൈക്കത്തുനിന്ന് തിരുവനന്തപുരത്തേക്ക് മന്നത്ത് പത്മനാഭന്റെ നേതൃത്വത്തിൽ നടന്ന ഐതിഹാസികമായ 'സവർണ്ണ ജാഥ' ജനമനസ്സുകളിൽ വലിയ മാറ്റമുണ്ടാക്കി.