നിലവിലുണ്ടായിരുന്ന ക്ഷേത്രസങ്കല്പങ്ങളെ ഉടച്ചുവാര്ക്കുകയോ തിരുത്തിക്കുറിക്കുകയോ ആണ് നാരായണ ഗുരു ചെയ്തത്. ഹിന്ദു മതത്തിലെ വികലസങ്കല്പങ്ങളോടും അനാചാരങ്ങളോടുമുള്ള ഗുരു വിന്റെ സൗമ്യമായ ധിക്കാരമായി അതിനെ കണക്കാക്കാം. അൻപതോളം ക്ഷേത്ര പ്രതിഷ്ഠകള് ഗുരു നടത്തിയതായി കരുതുന്നു. അവയില് 23 ശിവ പ്രതിഷ്ഠകള്, മൂന്നു ദേവീ പ്രതിഷ്ഠകള്, 14 സുബ്രഹ്മണ്യ പ്രതിഷ്ഠകള്, രണ്ടു ഗണപതി പ്രതിഷ്ഠകള് എന്നിവയും ദേവീ ദേവന്മാരുടെതല്ലാത്ത ഒന്പത് പ്രതിഷ്ഠകളുമുണ്ട്. വിളക്ക്, ഫലകം, കണ്ണാടി, പ്രണവം, ചിലമ്പ്, പീഠം എന്നിവ അവയിലുള്പ്പെടുന്നു. ക്ഷേത്ര പ്രതിഷ്ഠകളെല്ലാം ഗുരു നടത്തിയിരുന്നത് പുലര്ച്ചെ ആയിരുന്നു.
സാധാരണക്കാര്ക്കു വേണ്ടി ഈശ്വരാരാധനയ്ക്ക് ഗുരു ഒരു പുതിയ മാര്ഗ്ഗം തുറന്നിടുകയായിരുന്നു. ഗുരുവിന്റെ ക്ഷേത്ര പ്രതിഷ്ഠയുടെ മൂന്നാം ഘട്ടമായ ആലുവാ അദ്വൈതാശ്രമത്തില് ക്ഷേത്രമില്ലാത്തതിനാല് പ്രതിഷ്ഠയുമില്ല. പൂജകളും ഉത്സവങ്ങളും നടക്കുന്ന ക്ഷേത്രങ്ങളും, ധ്യാനത്തിനു മാത്രം സൗകര്യമുള്ള ശാരദാമഠവും, ബിംബവും, ക്ഷേത്രവുമില്ലാത്ത അദ്വൈതാശ്രമവും, ആരാധനാക്രമത്തിന്റെ മൂന്നു തലങ്ങളെയാണ് കാട്ടിത്തരുന്നത്. ക്ഷേത്രമുള്പ്പെടെയുള്ള മത സ്ഥാപനങ്ങള് കാലഹരണപ്പെടുന്നു എന്ന് ഗുരു തിരിച്ചറിഞ്ഞിരുന്നു.
ക്ഷേത്രങ്ങളിലൂടെ സ്ഥാപിച്ചെടുത്ത സവര്ണ്ണമേധാവിത്വത്തെ, ക്ഷേത്രങ്ങളെത്തന്നെ ഉപാധിയാക്കി ഗുരു വെല്ലുവിളിച്ചു എന്നതാണ് അവയുടെ ചരിത്ര പ്രാധാന്യം. എന്നാല് ഗുരു തെളിച്ച ആരാധനാസമ്പ്രദായത്തിന് വികാസമുണ്ടായില്ല എന്നതാണ് വസ്തുത. ജനങ്ങളുടെ ഇഷ്ടങ്ങള്ക്കനുസരിച്ച് ക്ഷേത്രങ്ങള് നിര്മ്മിക്കുക മാത്രമല്ല, ആ മൂര്ത്തിയെ ആരാധിക്കേണ്ടത് എങ്ങനെയെന്നതിനെക്കുറിച്ച് സ്തോത്രങ്ങളും ഗുരു രചിച്ചു. മതപരമായ ചിഹ്നങ്ങളില് നിന്നാണ് ക്ഷേത്രസങ്കല്പം തുടങ്ങിയതെങ്കിലും നിരന്തരമായ പരീക്ഷണങ്ങള് ക്ഷേത്ര പ്രതിഷ്ഠയില് ഗുരു നടത്തിക്കൊണ്ടിരുന്നു.
പ്രഭയും, ദീപവും, കണ്ണാടിയും, അദ്വൈതാശ്രമവുമൊക്കെ ഏകമതത്തിലേയ്ക്ക് ജനങ്ങളെ അടുപ്പിക്കുവാനുള്ള മാര്ഗ്ഗങ്ങളായിരുന്നു. ക്ഷേത്രങ്ങള് തന്റെ ലക്ഷ്യങ്ങളില് നിന്ന് അകലുന്നു എന്ന് മനസ്സിലാക്കിയതുകൊണ്ടാവാം ക്ഷേത്രനിര്മ്മാണത്തില് നിന്ന് ഗുരു പിന്തിരിഞ്ഞതെന്ന് കരുതേണ്ടിയിരിക്കുന്നു.
ശ്രീനാരായണ ഗുരുവിന്റെ ക്ഷേത്രസങ്കല്പം നിലവിലുണ്ടായിരുന്ന അനാചാരങ്ങൾക്കും സവർണ്ണ മേധാവിത്വത്തിനുമെതിരെയുള്ള സൗമ്യമായ വെല്ലുവിളിയായിരുന്നു. തൻ്റെ പ്രതിഷ്ഠകളിലൂടെ ആരാധനാക്രമത്തിൽ നിരന്തരമായ പരീക്ഷണങ്ങൾ നടത്തിയ അദ്ദേഹം, വിഗ്രഹങ്ങൾക്ക് പകരം വിളക്ക്, കണ്ണാടി, പ്രണവം തുടങ്ങിയവ പ്രതിഷ്ഠിച്ചുകൊണ്ട് ഏകമത സങ്കല്പത്തിലേക്കും അദ്വൈത ദർശനത്തിലേക്കും ജനങ്ങളെ അടുപ്പിച്ചു. പൂജകളുള്ള ക്ഷേത്രങ്ങൾ മുതൽ ബിംബമില്ലാത്ത അദ്വൈതാശ്രമങ്ങൾ വരെയുള്ള മൂന്ന് തലങ്ങളിലൂടെ ആരാധനയുടെ പരിണാമം ഗുരു കാട്ടിത്തന്നു. ക്ഷേത്രങ്ങൾ കാലഹരണപ്പെടുമെന്ന് തിരിച്ചറിഞ്ഞ അദ്ദേഹം, പിൽക്കാലത്ത് ക്ഷേത്രനിർമ്മാണത്തിൽ നിന്ന് പിന്തിരിഞ്ഞതും ചരിത്രപരമായ പ്രാധാന്യമർഹിക്കുന്നു. ഭക്തിയെ അറിവിലേക്കും സമത്വത്തിലേക്കും നയിക്കാനുള്ള ഒരു ഉപാധിയായിട്ടാണ് ഗുരു ക്ഷേത്രങ്ങളെ വിഭാവനം ചെയ്തത്.